Desarrollan una herramienta para la detección temprana de variantes del coronavirus en aguas residuales
Científicos de Scripps Research y la Universidad de California (Estados Unidos), en colaboración con la alianza San Diego Epidemiology and Research for COVID Health (SEARCH), han desarrollado una herramienta para la detección temprana de variantes del coronavirus en aguas residuales.
En concreto, han asegurado que con solo dos cucharaditas de aguas residuales sin tratar, se puede determinar con precisión la mezcla genética de las variantes del SARS-CoV-2 presentes en una población, e identificar nuevas variantes preocupantes hasta 14 días antes de las pruebas clínicas tradicionales. De hecho, en las aguas residuales de San Diego, el grupo detectó la variante ómicron 11 días antes de que se informara clínicamente por primera vez.
Para ello, utilizan un algoritmo, llamado Freyja , el cual ya ha sido rápidamente adaptado por muchos laboratorios de salud pública. «En muchos lugares, la vigilancia clínica estándar para nuevas variantes de preocupación no solo es lenta sino extremadamente costosa. Pero con esta nueva herramienta, puede tomar una muestra de aguas residuales y básicamente perfilar toda la ciudad», han dicho los investigadores, cuyo trabajo ha sido publicado en la revista Nature .
El proyecto requirió una estrecha colaboración entre los hospitales, los gobiernos estatales y locales, las instalaciones de secuenciación y los científicos académicos, incluidos los investigadores del laboratorio de Andersen y el microbiólogo de UC San Diego. El laboratorio implementó 131 muestreadores automáticos de aguas residuales para recolectar aguas residuales de 343 edificios en el campus de UCSD y 17 escuelas públicas en cuatro distritos escolares de San Diego, y adquirió muestras de grandes instalaciones de tratamiento de aguas residuales en el condado.
En el transcurso de casi un año, el grupo analizó más de 20.000 muestras de aguas residuales. En el proceso, desarrollaron métodos mejorados para concentrar el ARN viral en las aguas residuales, que ahora están siendo ampliamente utilizados por los laboratorios de salud pública de todo el país y el mundo. Luego, asumió el desafío de cuantificar las variantes virales a partir de los datos de secuenciación.
Muchas variantes del coronavirus, incluidas ómicron y delta, se diferencian por una pequeña cantidad de mutaciones, si bien dado que estos cambios pueden afectar a la forma en la que el virus se propaga o infecta a las personas, los funcionarios de salud pública deben rastrearlos cuidadosamente.
Y es que, cuando los investigadores aplicaron Freyja a sus muestras de aguas residuales y compararon los resultados con los datos clínicos recopilados por SEARCH en todo San Diego, descubrieron que la herramienta detectó variantes preocupantes, incluidas alpha, delta y ómicron, en las aguas residuales hasta 14 días antes fue reportado clínicamente.
«Las aguas residuales contienen una gran cantidad de información muy valiosa sobre nuestra salud, incluidos estos genomas virales que pueden permitirnos rastrear el curso de una pandemia o epidemia.
Los investigadores dicen que continúan mejorando el conjunto de herramientas que utilizan para analizar virus en las aguas residuales, pero que el conjunto actual de métodos ya es un gran avance con respecto a los enfoques anteriores. Las mismas estrategias podrían usarse no solo para rastrear variantes de coronavirus, sino también para otros patógenos humanos.
