Desarrollan una tecnología para detectar mejor las variantes genéticas causantes de cáncer

Investigadores de la Universidad de Augusta (Estados Unidos) han desarrollado una tecnología que permite una búsqueda sin precedentes y de alta resolución de todas las variantes estructurales de los genes que se sabe que causan cáncer.

Según sus hallazgos, publicados en la revista científica Journal of Molecular Diagnostics , esta tecnología puede superar el rendimiento de las pruebas estándar utilizadas hoy en día para cánceres comunes de la sangre como la leucemia.

Se trata de la cartografía óptica del genoma (OGM, por sus siglas en inglés), una antigua herramienta de investigación que ahora se abre camino en la atención sanitaria.

Ahora, el primer estudio que ha estandarizado con precisión cómo utilizar el OGM en pacientes con una amplia gama de cánceres sanguíneos indica que puede duplicar lo que detectan las pruebas existentes, proporcionar una mejor comprensión de las variantes que esas pruebas identifican y encontrar variantes adicionales, información que debería mejorar los resultados de los pacientes.

«Este es el primer estudio que trata de estandarizar la forma en que tenemos que investigar estos cambios estructurales en las neoplasias hematológicas utilizando OGM para los pacientes. El resultado final es que, utilizando una tecnología como esta, podremos hacer un diagnóstico mejor y más específico, clasificar mejor el cáncer, dar un mejor pronóstico basado en esa clasificación y permitir mejores opciones terapéuticas», ha comentado Ravindra Kolhe, patólogo molecular y presidente interino del Departamento de Patología del Colegio Médico de Georgia en la Universidad de Augusta.

Así, los resultados demuestran el potencial del OGM como prueba de primera línea para diagnosticar cánceres de la sangre o neoplasias hematológicas. Los investigadores afirman que, a menudo, en un mismo paciente se realiza más de una de las tres pruebas actuales y que la OGM podría eliminar la necesidad de realizar varias pruebas.

La OGM permite una observación directa del ADN que, como indica el nombre de la tecnología, ofrece una perspectiva 20.000 veces más cercana que el cariotipo convencional utilizado habitualmente. El cariotipo, que busca anomalías cromosómicas, es una de las técnicas utilizadas para analizar los cánceres sanguíneos.

Otras técnicas son el microarray cromosómico, que busca deleciones o duplicaciones genéticas con mayor resolución que el cariotipo, pero sin acercarse a la de la OGM, y la hibridación fluorescente in situ (FISH), que también observa directamente el ADN, pero a una escala mucho menor y de menor resolución que la OGM.

El ADN es una unidad fundamental de nuestro material genético que nos constituye, los genes son segmentos de nuestro ADN y el ADN se transporta en los cromosomas que se encuentran en nuestras células. Los síntomas del paciente y el análisis de las células sanguíneas son los primeros indicios de la presencia de cáncer.

Pero son estas variantes estructurales en los genes de esas células las que constituyen una causa importante de cáncer y pueden indicar el tipo de cáncer específico y su estadio.

Las variaciones estructurales, que pueden alterar la función normal de un gen y convertirla en un mecanismo promotor del cáncer, incluyen la duplicación o deleción de un gen y el intercambio de dos genes en un proceso denominado translocación que, por ejemplo, puede hacer que el gen sea más activo. Los genes pueden incluso «desprenderse», lo que puede ser problemático si, por ejemplo, uno de esos genes es un supresor natural de tumores como el gen p53.

Ahora, los variantes han desarrollado un sistema de OGM llamado Saphyr y decidieron estudiar cómo estandarizar el uso de la OGM en el análisis de una amplia gama de cánceres sanguíneos y ver cómo se comparaban sus resultados con los de los métodos actuales.

Analizaron 59 muestras de sangre, células aisladas y ganglios linfáticos y médula ósea, algunas de ellas varias veces con fines de validación. Los pacientes padecían diversos tipos de cáncer de sangre, como leucemia linfocítica crónica y linfoma, y había 10 muestras de control de individuos sin cáncer.

Se habían realizado una o más de las pruebas estándar en las muestras de cada paciente, incluidas 10 muestras de leucemia clasificadas como normales por cariotipo, 45 clasificadas como casos simples, lo que significa que se encontraron menos de cuatro variantes estructurales, y 14 como complejos con cuatro o más variantes.

Como ejemplos de lo que encontró la OGM, confirmó todas menos dos de las 164 variantes encontradas por los métodos tradicionales. Pero en las 10 muestras de leucemia que fueron clasificadas como normales por cariotipo, las variaciones estructurales fueron detectadas en un 40 por ciento por OGM.

Siete de las muestras clasificadas como simples tanto por FISH como por cariotipo presentaban cuatro o más aberraciones, lo que clasificaría los cánceres como complejos. Cinco de las siete muestras clasificadas como simples basándose sólo en las pruebas de FISH, mostraron cuatro o más aberraciones con OGM, y OGM fue capaz de delinear aún más algunas variantes individuales en estos dos grupos.

Por ejemplo, en la leucemia linfocítica crónica, la OGM fue capaz de distinguir cambios diminutos en deleciones comunes asociadas al cáncer que hicieron que el pronóstico pasara de bueno a malo. También fue capaz de detectar 106 nuevas fusiones génicas.

Según el Instituto Nacional del Cáncer, las fusiones genéticas son el resultado de la unión de partes de dos genes diferentes, lo que puede conducir al desarrollo de algunos tipos de cáncer. Las técnicas actuales, como FISH, no son eficaces para identificar nuevas fusiones génicas.

Según los investigadores, el uso de la OGM debería dar lugar a que aproximadamente el 20 por ciento de los pacientes obtuvieran al menos un cambio en la clasificación de su neoplasia maligna, por ejemplo de riesgo bajo a leve, lo que supone una diferencia en las opciones de tratamiento. Estos diagnósticos más precisos son necesarios para hacer un uso óptimo del número sin precedentes de opciones de tratamiento específico que existen en la actualidad, señala.